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干貨貼:NCBI 上的這些字母都是什么意思?
發(fā)布時(shí)間: 2021-08-23 點(diǎn)擊次數(shù): 24814次NCBI 上基因前面有個(gè) accession(編號(hào))分別有 NC、NM、NP、GI、XP、XM、BC、AB、NG、 AJ、AC、AY 和 AF 等等,然后后面是一串?dāng)?shù)字,都是什么意思??特別是看 Blast 結(jié)果時(shí),這些編號(hào)到處都是的,根本不知道哪個(gè)才是想要的好么!!
莫慌,今天就給大家理理順!
ACCESSION是NCBI序列數(shù)據(jù)中我們常用到編號(hào)(另一個(gè)是GI)。ACCESSION形式為CC_#####, 其中 CC 為兩個(gè)字母,其不同組合又可以區(qū)分為蛋白序列、核酸序列或基因組序列,而#為位數(shù)不等的數(shù)字;ACCESSION 后面又會(huì)加版本號(hào),以 CC_####.#形式表示,最后的尾數(shù)遞增表 示序列信息較之前的版本有所修改。這樣 ACCESSION+版本號(hào)就是一個(gè)*的表示,代表一個(gè)*的序列,而且這個(gè)編號(hào)不會(huì)改變。
以下是幫大家找到的整理表格!具體的各項(xiàng)說(shuō)明及序列來(lái)源說(shuō)明可以查看 NCBI。
一般來(lái)說(shuō),mRNA 和基因組序列是我們主要的尋找對(duì)象。如果想找標(biāo)準(zhǔn)序列的話,mRNA 就采用 NM_開(kāi)頭的,基因組用 NC_或者 AC_開(kāi)頭的。so easy!
不同的編碼代號(hào)代表不同的意思,如 NM_開(kāi)頭的表示標(biāo)準(zhǔn)序列,XM_表示預(yù)測(cè)的蛋白編碼序列,NR_表示非編碼蛋白的 mRNA 序列,AF 開(kāi)頭的表示克隆序列,BC 開(kāi)頭的表示模板序列......
上面的表格中是一些常見(jiàn)序列的 accession 號(hào),不過(guò)大家知道 NCBI 中還有很多其他的 accession 號(hào)么?!其中,僅與 RNA 相關(guān)的就有 116 種!不過(guò),科研人員生存不易,不必在細(xì)節(jié)上作死自己,建議大家按需選擇或者需要時(shí)查詢即可!
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